فعالیتهای علمی و فرهنگی:
زندگی آیت الله کریمی، تا کنون از خدمات علمی و فرهنگی بسیار سرشار بوده است. او در سالهای تحصیل خود تقریرات درس استادان خود را نگاشته است که از میان آنها می‌توان به تقریرات درس خارج فقه حضرات آیات عظام حلّی و حکیم و تقریرات درس اصول آیت الله العظمی خویی اشاره کرد. جلد چهارم تقریرات درس فقه آیت الله العظمی آملی نیز با عنوان «کشف الحقائق عن الفقه الجعفری» به چاپ رسیده است.
آیت الله سید جعفر کریمی تا به حال دروس منطق، ادبیات عرب، فقه و اصول تا سطوح عالی را چندین بار تدریس فرموده است و به مدت یک سال در مدرسه عالی قضایی و تربیتی قم و دو سال در مدرسه عالی شهید مطهری و مدرسه علوم قضایی تهران (دانشکدة علوم قضایی) تدریس داشته است.
آیت الله کریمی از سال 1370 در حوزه علمیه قم به تدریس خارج فقه قضا اشتغال ورزید و هم اکنون نیز چندین سال است به تدریس خارج فقه عبادات و معاملات می‌پردازد.
امام خمینی(ره) پس از ورود به نجف و ملاحظه نابسامانیهای موجود در آن حوزة شریف، به آیت الله کریمی و دو تن از فضلای حوزه دستور دادند که با مذاکره با بیت آیت الله العظمی خویی(ره)، هیأت مشترکی برای تنظیم برنامه و امتحانات تشکیل دهند که این امر، با کار شکنی برخی از آقایان روبرو شد. از این رو امام(ره) تصمیم گرفت خود، به این امر اقدام نماید و مسؤولیت برگزاری امتحانات طلاب و نظارت بر دفتر شهریه را به آیت الله کریمی واگذاشت.
در سال 1345، تحقیق و بازنگری و تصحیح رساله عملیة عربی زبدة الاحکام و رسالة فارسی توضیح المسائل را امام(ره) به آیت الله کریمی واگذار کرد و در سال 1346، آیت الله کریمی با همکاری آیت الله خاتم یزدی(ره) کتاب البیع امام(ره) را تحت نظارت و اشراف ایشان، در بهترین اسلوب و در پنج جلد در نجف اشرف به چاپ رسانید. او کتاب خلل صلات امام را نیز به امر معظم له در نجف اشرف تحقیق و تصحیح کرد که بعدها در ایران به چاپ رسید.
آیت الله کریمی از سال 1347 تا پایان مدت حضور امام(ره) در نجف، نوشتن پاسخ استفتائات تحت نظارت امام(ره) را در بیت ایشان به عهده داشت. این مسؤولیت در ایران نیز از سال 1358 تا پایان عمر آن مرجع بزرگ، در قم به عهدة ایشان بود. او بارها برای استعلام نظر مبارک امام(ره) در زمینه‌های گوناگون به تهران سفر می‌کرد و با استاد و مراد خود دیدار می‌نمود.
با انتخاب آیت الله خامنه‌ای به رهبری انقلاب در 14 خرداد 1368، و در مرداد همان سال، آیت الله کریمی عهده دار پاسخ دادن به استفتائات ایشان شد که پاسخها با نظارت ایشان، هم اکنون نیز ادامه دارد. از مهر ماه 1368 تا کنون شورای افتای رهبری، غالباً هفته‌ای یک بار با حضور رهبر انقلاب تشکیل می‌شود که آیت الله کریمی همواره در آن حضور دارند. مباحث فقهی و مسائل مستحدثه به صورت استدلالی مورد بحث قرار می‌گیرد.
مقام معظم رهبری تنظیم استفتائات در قالب کتاب را نیز بر عهدة آیت الله کریمی نهادند که تا کنون دو جلد آن به چاپ رسیده است. او از زمان حضور امام خمینی(ره) تا کنون در جلسات استفتای بعثة او و بعثة مقام معظم رهبری حضور دارد و همواره به زائران بیت الله الحرام در مدینه و مکه خدمت می‌رساند.
آیت الله کریمی از سال 1358 تا سال 1369 در شورای عالی حوزه علمیه قم حضور داشت و به برنامه ریزی درسی و اخلاقی برای طلاب و نیز برقراری جلسات امتحان نهایی طلاب می‌پرداخت.
فعالیتهای سیاسی:
آیت الله سید جعفر کریمی، از سنین نوجوانی تا به امروز در عرصه‌های گوناگون سیاسی، به انجام دادن وظیفه می‌پرداخته است. او که در سنین کودکی و نوجوانی طعم تلخ استبداد رضاخانی را چشیده بود و حس مبارزه و انگیزه برچینی بساط ظلم در وجودش جوانه زده بود، در سال 1327 به جمع فدائیان اسلام به رهبری شهید مجتبی نواب صفوی پیوست و در صحنه‌های گوناگون مبارزه حضور فعال داشت.
پس از کودتای 28 مرداد و اقدام جدّی حکومت ستم‌شاهی بر تعقیب و دستگیری اعضای جمعیت فدائیان اسلام به سفارش پدر برای ادامة تحصیل به نجف اشرف رفت. در سال 1348 رژیم بعثی عراق، قصد انحلال حوزه علمیه نجف را در سر می‌پروراند و امام(ره) تصمیم گرفت با ازدیاد شهریه، طلاب را به درس خواندن و پایداری در برابر رژیم بعثی، تشویق کند؛ اما در حوزه علمیه نجف افراد مشکوک و ناصالحی وجود داشتند که گاه وابسته به حزب بعث بودند و امام(ره) خوش نمی‌داشت که سهم امام را نصیب آنان کند. از این رو به آیت الله سید جعفر کریمی دستور داد که به پاک سازی حوزه از عناصر وابسته به رژیم بپردازد. این امر باعث شد که آیت الله کریمی با سازمان امنیت عراق درگیر شود و مورد احضار قرار گیرد.
از دیگر فعالیتهای وی در نجف اشرف، ورود به جمع حامیان آیت الله العظمی حکیم(ره) در مبارزه با حزب توده بود. او در کنار بارگاه مقدس علوی همواره یار و مدافع امام(ره) بود و پس از تبعید امام به ترکیه، همواره در معیت دوست دیرین حضرت امام مرحوم حجة‌الاسلام حاج شیخ نصرالله خلخالی با برقراری جلسات توجیهی در نجف اشرف به حمایت از اهداف امام(ره) در تشکیل حکومت اسلامی می‌پرداخت. و با تنظیم تلگراف و ارسال آن به سفارتخانه‌های دولتهای اسلامی در بغداد آنان را از حوادث دنیای اسلام آگاه می‌ساخت.
در سال 1356 اخبار جسته گریخته‌ای مبنی بر سوء قصد به جان امام(ره) به گوش می‌رسید. این اخبار را بیشتر عمال رژیم شاه پخش می‌کردند. امام در تاریخ 27 ذی حجه 1397 هجری قمری، آقایان سید جعفر کریمی، شیخ حبیب الله اراکی، سید عباس خاتم یزدی و رضوانی خمینی را وصی خود قرار داد و وصیت نامه را در پاکتی سر بسته تحویل آنان داد و پشت پاکت نوشته بود: این پاکت نزد جناب آقای سید جعفر کریمی محفوظ باشد و پس از فوت این جانب آن را باز کنند و مطالعه کنند.
آیت الله کریمی، پس از پیروزی شکوهمند انقلاب اسلامی نیز، در مسؤولیتهای گوناگونی به انجام وظیفه پرداخت. او در مرداد سال 1358 با فرمان امام(ره)، داوطلب نمایندگی مجلس خبرگان قانون اساسی شد که با رأی مردم مازندران به آن مجلس راه یافت و در پاره‌ای از موضوعات رابط مجلس و امام(ره) بود.
در سال 1360، آیت الله کریمی به نمایندگی از سوی امام(ره) به همراه آیت الله احمدی میانجی(ره) در شورای عالی اقتصاد، بر لوایح قانونی و تنظیم برنامة متناسب با نظام در زمان دولت آقای میر حسین موسوی حضور داشت و در همان سال، با عضویت در دادگاه عالی انقلاب، به بازنگری پرونده‌های محاکم می‌پرداخت. برخی دیگر از مسؤولیتهای وی عبارتند از:
ـ ریاست دادگاه عالی انتظامی قضات با حکم امام(ره) در سال 1361؛
ـ نمایندگی مجلس خبرگان رهبری در دورة اول و سوم از طرف مردم استان مازندران؛
ـ مسؤولیت بررسی پرونده‌های زندانیان محاکم عمومی با حکم امام(ره) در سال 1362؛
آیت الله کریمی در انتخاب شایسته حضرت آیت الله خامنه‌ای به رهبری انقلاب در سال 1368 نقش سازنده و مهمی ایفا کرد و از آن تاریخ تا کنون همواره بر حمایت بر اصل مترقی ولایت فقیه و خدمت در نظام مقدس جمهوری اسلامی پای فشرده است.
آیت الله کریمی از سال 1358 به عضویت جامعه مدرسین حوزه علمیه قم در آمد و در طی این سالها، نقش مهم و مثبتی در احیای حوزه‌های علمیه و اعتلای اسلام ناب محمدی ایفا کرده است. او هم اکنون در قم به تدریس بحث خارج فقه معاملات اشتغال دارد و در دفتر مقام معظم رهبری به پاسخ استفتائات و خدمت‌رسانی به مردم انقلابی می پردازد.
